MolView

MolView es una aplicación web que ayuda a estudiantes, profesores e investigadores a visualizar las estructuras moleculares y sus propiedades. Existen numerosas bases de datos disponibles públicamente para proporcionar los datos requeridos, tales como PubChem, ChemSpider, ChEMBL, DrugBank, la Crystallography Open Database, y muchas más.

Actualmente, MolView utiliza PubChem, RCSB, la Crystallography Open Database, el Chemical Identifier Resolver, y el NIST WebBook para recuperar datos. MolView ofrece una sencilla interfaz de búsqueda para encontrar pequeñas moléculas, proteínas y estructuras cristalinas en estas bases de datos.

Estructura de la cafeína en MolView
Estructura de la cafeína en MolView

Este software en la nube utiliza librerías JavaScript, que utilizan tecnologías web modernas como WebGL, para visualizar estas estructuras. En los últimos años se ha diseñado una nueva versión de esta aplicación desde cero para facilitar la implementación de nuevas bases de datos y herramientas. Junto con una nueva arquitectura e interfaz de usuario, esta versión incluye instrucciones interactivas, herramientas de búsqueda avanzada, más herramientas de importación/exportación y más herramientas de presentación.

Historia de MolView

MolView comenzó como un convertidor de estructura 2D a 3D donde el usuario puede dibujar una fórmula estructural y ver un conformador 3D generado usando el Resolver del Identificador Químico.

La capacidad de buscar por nombre utilizando el Chemical Identifier Resolver se añadió más tarde como una característica experimental. Esto resultó tan bien que se agregaron integraciones para PubChem, RCSB y la Crystallography Open Database.

Actualmente, MolView se ha convertido en un ejemplo de lo que sucede cuando se combinan las tecnologías modernas de navegación web y los recursos de datos científicos en línea.

Usos de MolView

Los usos de MolView son muchos y versátiles. La mejor manera de averiguarlo es, por supuesto, visitar molview.org y probarlo usted mismo. A continuación, se enumeran algunas de las aplicaciones de este software.

Ver estructura 3D de moléculas orgánicas

Puedes dibujar moléculas orgánicas en el sketcher o zona de dibujo del lado izquierdo. Por defecto, el cuadro de dibujo muestra la fórmula estructural de la cafeína. Para limpiar la zona de dibujo se puede hacer clic en el icono de la papelera en la esquina superior izquierda.

Luego dibuje una nueva estructura usando las herramientas de esbozo. Por ejemplo, puede dibujar un anillo de benceno, un átomo individual o un enlace. Cuando haya terminado de dibujar la estructura, convierta la estructura a 3D usando el botón “2D a 3D” en la esquina superior derecha del sketcher. Ahora puede ver e interactuar con la estructura 3D

Medición de distancias, ángulos y ángulos de torsión en moléculas pequeñas

También puede buscar estructuras químicas. Escriba el nombre de una molécula en la entrada de búsqueda en la esquina superior izquierda de la ventana.

La entrada de búsqueda mostrará una lista de sugerencias de PubChem, la Crystallography Open Database y RCSB. Cuando se ha cargado una estructura, se puede habilitar una herramienta de medición a través del menú Jmol.

MolView utiliza la variante JavaScript de Jmol (JSmol) para las herramientas de medición. Cuando haya habilitado una herramienta de medición, puede hacer clic en los átomos de la ventana de visualización para medir distancias, ángulos y ángulos de torsión.

Estudiar las distribuciones de electrones en moléculas pequeñas

Jmol tiene muchas herramientas computacionales poderosas y algunas son actualmente directamente accesibles en MolView. Puede, por ejemplo, renderizar una superficie de Potencial Electrostático Molecular de la molécula 3D cargada.

Si se conecta un átomo de flúor a un átomo de hidrógeno y se convierte en una superficie translúcida MEP, se puede ver claramente que el átomo de flúor atrae electrones mucho más fuertes que el átomo de hidrógeno.

También puede ejecutar una minimización de energía a través del menú Jmol. Esto puede ser útil cuando la estructura cargada se resuelve usando el Chemical Identifier Resolver. El Chemical Identifier Resolver utiliza CORINA, un programa que divide la molécula en conjuntos, busca estos conjuntos en una base de datos y los vuelve a ensamblar.

Estudio de pequeñas estructuras cristalinas

Puede cargar pequeñas estructuras de cristal de la base de datos Crystallography Open Database a través de la interfaz de búsqueda. Las sugerencias azules de la entrada de búsqueda son nombres minerales de la Base de Datos Abierta de Cristalografía.

Estructura cristalina en MolView
Estructura cristalina en MolView

Además, puede buscar en toda la base de datos Crystallography Open Database a través del menú de búsqueda. Después de haber cargado una estructura cristalina, puede renderizar un modelo de supercelda a través del menú Modelo.

Visualizar macromoléculas biológicas

Al igual que las moléculas pequeñas y las estructuras cristalinas, las macromoléculas también se pueden cargar en MolView. MolView puede recuperar macromoléculas biológicas de RCSB. Puede cambiar entre diferentes esquemas de color y representaciones de la estructura de la proteína a través del menú Proteína.

Visualizar espectros

También puede ver ciertos espectros. Para hacer esto, primero tienes que cargar o dibujar una molécula. A continuación, puede abrir el visor de espectros a través del menú Herramientas, donde puede elegir entre diferentes espectros. Los espectros de infrarrojos y de masas se obtienen del WebBook de Química del NIST. Una predicción H1-NMR se calcula usando *nmrdb.org. Cuando se selecciona un espectro, se cargará en el visor de espectro interactivo donde se pueden leer los valores.

Insertar modelos 3D interactivos en sitios web

Si usted escribe artículos web que involucran química, la herramienta de incrustación de MolView puede ser justo lo que usted necesita. Puede obtener un código de incrustación para cada estructura 3D en el visor abriendo el diálogo de incrustación a través del menú Herramientas. A continuación, puede pegar este código HTML para incrustar en su página web.

A continuación, se muestra un ejemplo de una molécula de cafeína incrustada.

Perspectivas para MolView

En los últimos años han surgido numerosas ideas para nuevas funciones. Esto ayudará a integrar cosas nuevas y emocionantes. Aparte de un buen número de nuevas integraciones de bases de datos, se van a centrar esfuerzos en tres ejes: herramientas de visualización, herramientas de esbozo y herramientas para profesores.

MolView está disponible gratuitamente en molview.org.