PubChem

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PubChem es un popular recurso de información química que sirve tanto a la comunidad científica como al público en general, con millones de usuarios únicos al mes.

¿Qué es PubChem?

PubChem es una base de datos de moléculas químicas y sus actividades en ensayos biológicos. El sistema lo mantiene el Centro Nacional de Información Biotecnológica (NCBI), un componente de la Biblioteca Nacional de Medicina, que forma parte de los Institutos Nacionales de Salud (NIH) de Estados Unidos.

Se puede acceder a PubChem de forma gratuita a través de una interfaz de usuario web. Se pueden descargar gratuitamente millones de estructuras de compuestos y conjuntos de datos descriptivos a través de FTP. PubChem contiene descripciones de múltiples sustancias y pequeñas moléculas con menos de 100 átomos y 1000 enlaces. Más de 80 proveedores de bases de datos contribuyen a la creciente base de datos PubChem.

Estructura interna

PubChem organiza sus datos en tres bases de datos: Substance, Compound y BioAssay. La base de datos Substance es un depósito donde se archivan los datos químicos proporcionados por el depositante. La base de datos de compuestos almacena estructuras químicas únicas extraídas de la base de datos de sustancias.

Por su parte, la base de datos BioAssay almacena descripciones de ensayos biológicos y resultados de pruebas. Para cada registro de estas bases de datos, PubChem ofrece una página web dedicada que presenta sus datos disponibles. Además, PubChem también proporciona vistas alternativas a través de páginas web que presentan los datos relacionados con un gen, una proteína, una vía y una patente específicos. Los datos de PubChem pueden descargarse de forma interactiva a través de interfaces web o de forma programada a través de varias rutas de acceso a servicios web, como PUG-REST y PUG-View.

Pantalla inicial de PubChem
Pantalla inicial de PubChem

Buscando en Pubchem

Es posible buscar en las bases de datos una amplia gama de propiedades, como la estructura química, los fragmentos de nombre, la fórmula química, el peso molecular, el XLogP y el recuento de donantes y aceptores de enlaces de hidrógeno.

PubChem contiene su propio editor de moléculas en línea con soporte para SMILES/SMARTS e InChI que permite importar y exportar todos los formatos de archivos químicos habituales para buscar estructuras y fragmentos.

Cada resultado proporciona información sobre sinónimos, propiedades químicas, estructura química, incluyendo cadenas SMILES e InChI, bioactividad y enlaces a compuestos estructuralmente relacionados y a otras bases de datos del NCBI como PubMed.

En el formulario de búsqueda de texto se pueden buscar los campos de la base de datos añadiendo el nombre del campo entre corchetes al término de búsqueda. Un rango numérico se representa con dos números separados por dos puntos. Los términos de búsqueda y los nombres de los campos no distinguen entre mayúsculas y minúsculas. Se pueden utilizar paréntesis y los operadores lógicos AND, OR y NOT. Si no se utiliza ningún operador, se presupone que es AND.

Página PubChem Pathway View

La página PubChem Pathway para una determinada vía biológica proporciona información sobre las sustancias químicas, las proteínas, los genes y las enfermedades implicadas o asociadas a esa vía, y puede ser muy importante para proporcionar un contexto a la actividad biológica observada. Todos los registros de vías se integraron a partir de recursos de vías existentes (34,51-59) sin ningún intento de fusionarlos o combinarlos, lo que significa que una vía puede tener múltiples registros en PubChem, cada uno de ellos procedente de una fuente diferente. Se puede acceder a cada página de una vía determinada a través de una URL de la forma

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pathway/SOURCE:PATHID

donde SOURCE es la fuente de información de la vía y PATHID es el identificador del registro utilizado por esa fuente.

Tabla periódica y páginas de elementos de PubChem

Las páginas de la Tabla Periódica y de los Elementos de PubChem se introdujeron para ayudar a los usuarios a navegar por los abundantes datos químicos elementales dentro de PubChem, al tiempo que proporcionan un punto de entrada conveniente para explorar el contenido químico adicional, como las actividades biológicas y los datos de salud y seguridad disponibles en las páginas de compuestos de PubChem para elementos específicos y sus isótopos.

Se puede acceder a la Tabla Periódica desde la página principal de PubChem, desde la que se puede acceder a las páginas de elementos individuales. La Tabla Periódica y las páginas de elementos también están disponibles como widgets, lo que permite mostrar los datos de elementos de PubChem en páginas web externas. Dado que los widgets cargan los datos directamente desde PubChem, siempre muestran la información más actualizada de PubChem.

Los datos presentados en las páginas de la Tabla Periódica y de los Elementos se integran a partir de artículos científicos y fuentes de datos autorizadas. Los datos elementales pueden descargarse en formatos de archivo comunes e importarse a programas de análisis de datos (software de hojas de cálculo como Microsoft Excel y Google Sheets o scripts informáticos en python o R). Además, estos datos no sólo están disponibles a través de las interfaces web, sino también de forma programada a través de PUG-REST y PUG-View.

Características y adiciones recientes

En los dos últimos años, PubChem ha introducido mejoras sustanciales. Se han añadido a PubChem datos procedentes de más de 100 nuevas fuentes de información, entre las que se incluyen enlaces de literatura química de Thieme Chemistry, enlaces de propiedades químicas y físicas de SpringerMaterials y enlaces de patentes de la Organización Mundial de la Propiedad Intelectual (OMPI).

La página de inicio de PubChem y las páginas de registros individuales se han actualizado para ayudar a los usuarios a encontrar la información deseada más rápidamente. Esta actualización supuso un cambio de modelo de datos para los objetos de datos utilizados por estas páginas y por los usuarios programáticos. Se introdujeron varios servicios nuevos, como las páginas de la Tabla Periódica y de los Elementos de PubChem, las páginas de las Vías y los paneles de Conocimiento.

Pagina de PubChem https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

Para más información PubChem in 2021: new data content and improved web interfaces

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